Un'ultima domanda, qualora tu utilizzi normalmente un monitor esterno, hai verificato che la barra del menù stia sullo schermo del tuo MBP e non sullo schermo esterno (questo se utilizzi OS X diversi da Mavericks).
Ricordo che, adoperando uno schermo esterno, se la videata di un'App viene trasportata su questo schermo e lì la si "dimentica" allo spegnimento del Mac, quando poi la riattivi e stai utilizzando solo lo schermo del MBP, non la trovi e sei obbligato a collegare lo schermo esterno per vederla e poterla recuperare sullo schermo dove staziona regolarmente la barra del menù.
Pertanto fai queste anche queste verifiche e vedi se la situazione in fase di avvio ritorna alla normalità.