Immagino che adesso vorrai recuperare almeno i Preferiti, i top Sites e forse la Cronologia.
Nella nuova cartella Safari (che si è già riformata) devi trasferire dalla vecchia cartella che sta sulla scrivania i rispettivi files Bookmarks.plist, TopSites.plist e History.plist sovrascrivendoli ai nuovi che si sono ricreati, naturalmente con Safari chiuso. Tutto il resto secondo me puoi cestinarlo.
Procedi un file alla volta, e alla fine controlla nuovamente che il problema per cui avevi aperto il topic sia definitivamente risolto.