Non trovo relazione fra l'aggiornamento di Numbers, Excel e il tastierino numerico.
Intanto prova le risoluzioni relative al solo tastierino:
https://support.apple.com/kb/PH25386?vi ... cale=it_IT
http://osxdaily.com/2014/12/01/number-k ... board-fix/
Io ho l'ultima versione di Numbers ed è la 5.2.
Quindi il tuo aggiornamento non è attuale.
Ti consiglierei di aggiornare a Sierra per ottimizzare un aggiornamento.
Se vuoi usare il Mac in sintonia con l'iPhone.
In ogni caso, a meno che non sia fortemente voluto e cercato non si fanno coesistere due versioni dello stesso software.
Quindi elimina accuratamente Numbers più vecchio.
Invece è del tutto lecito volere sia Numbers che Excel.
So che queste considerazioni non aiutano...
Però le cose fatte canonicamente creano sempre meno problemi