Ciao,
Puoi farlo con Avidemux (
http://avidemux.berlios.de/download.html" onclick="window.open(this.href);return false;), seguendo, per esempio, queste istruzioni:
http://www.appunti-liberi.it/?p=896" onclick="window.open(this.href);return false;
Se non hai la necessita di fare una copia hard subbed, puoi usare anche Mplayer X (
http://mplayerx.org/" onclick="window.open(this.href);return false;), che carica automaticamente gli .srt ( purche' abbiano lo stesso nome del file .avi) e vedi molto bene il film a tutto schermo con i suoi sottotitoli.