Sel sul disco interno del MacPro non hai più nulla che ti interessi (e sei ben sicuro di questo), puoi avviare dal disco FW800 e dal nuovo sistema e, dopo avere inizializzato il disco interno, con CCC (Carbon Copy Cloner) puoi clonare il disco esterno sul disco interno.
In ogni caso mi farei un backup di tutto il disco interno, al fine di evitare inutili disperazioni successive a ripensare a qualcosa di andato perduto