ciao Apfel77, vedo che hai fatto il gran passo!
Ti rispondo ai due quesiti:
1) dovresti chiarire bene le cartelle blu nei Segnalibri e dove le vedevi prima di Monterey.
Ho cliccato su Segnalibri > Mostra segnalibri e tutti i Segnalibri, cioè i miei Preferiti che ho scelto da sempre, mi vengono tutti evidenziati a lato sx.
Poi se clicco su simbolo [Nascondi barra laterale] la barra con i Preferiti sparisce.
2) Non ti devi preoccupare o allarmare per quell’avviso. Sono operazioni di verifica, eseguite ad ogni aggiornamento di sistema, che Apple ha introdotto da diversi anni, non so se a partire da Mojave o da Catalina.
Comunque scrivi che non hai trovato alcun file (questo è bene) per cui è senz’altro una cartella d’ufficio.
Concludo con la tua frase:
Comunque mi pare che funzioni tutto egregiamente.
in definitiva è quello che conta!
P.S.- Vedo ora che altri ti hanno risposto sul quesito 2)