Io non uso programmi di backup delle app da cydia; questo perché li potrei usare solo quando decido di aggiornare il telefono e di rifare un nuovo JB ma, se aggiorno il telefono, le vecchie applicazioni di cydia, probabilmente, non funzioneranno più perché non saranno più compatibili.
A questo punto non serve a nulla fare il backup, capace che se fai installare tutte le app che avevi prima ti fa pure casini se qualcuna di queste é diventata incompatibile con la nuova versione di iOS.
Meglio quindi reinstallare le app di cydia a mano, una per volta, per testare eventuali incompatibilità.
Insomma io faccio il backup su un bel foglietto di carta, come una volta
Non so darti informazioni su alternative a Wifi-Where; a quanto mi risulta é rimasta l'unica a funzionare più o meno bene... (a me funziona)