Che versione di M.A.M.E. usi? Io su Mojave uso MAME OS X 0.124, che è una versione molto vecchia, e funziona bene. Poi per il retrogaming ti consiglio assolutamente OpenEmu programma straordinario per emulare le vecchie console, dal VCS2600 fino al Nintendo GameCube. Io trovo molto validi anche gli emulatori di R.Bannister ma uso le penultime versioni, le ultime mi hanno dato alcuni problemi (comunque se usi OpenEmu puoi farne tranquillamente a meno). Ovviamente lo ScummVM è il paradiso per gli amanti delle vecchie avventure grafiche.
A parte questo, in generale, la mia esperienza personale è stata che passare da El Capitan agli OS successivi (escluso Catalina) è stato molto semplice e non mi ha dato quasi nessuna incompatibilità con i software che usavo, giusto alcuni che ho dovuto aggiornare a versioni più recenti ma senza problemi. Ovviamente ogni situazione va esaminata singolarmente, per esempio io non uso nulla di Adobe per cui dei suoi software non saprei dirti. Io Catalina lo sconsiglierei perché personalmente il taglio di tutte le applicazioni a 32bit mi sembra ancora prematuro, soprattutto nell'ambiente dei videogiochi ce ne sono ancora molte e non solo "retro".